自由法国时期的洛林红十字三色旗
据说，三色旗的起源来自于1789年7月法国革命期间革命军所戴的帽章。该帽章由革命军总司令拉法叶侯爵（Marquis de Lafayette）设计，它采用的颜色借鉴了巴黎市市徽的红色和蓝色，原本只有红蓝两色，后来拉法叶加入代表王室的白颜色，寓意是期望人民与王室携手合作，建立一个自由平等的新国家。1789年后，巴黎的颜色不再被使用；原因可能是拉法叶当时采用了美国独立战争旗子的颜色（蓝，红和白色）。大多数的历史学家和旗帜学家，包括法国的那些学家，同意现在这种最终的说法，虽然这来源于传说。
最初，红色在旗杆的一侧，蓝色在外侧。后来为了避免与海军的军旗混同，在法兰西第一共和国期间的1794年2月15日，旗杆一侧被换成蓝色，红色被移到外侧，并正式地被采用为法国的国旗，同年5月20日开始启用。起初，它的采用并未受到广泛欢迎，那时的海军正继续在君主政体的白色旗之下作战，同时威胁要叛变。这种式样的三色旗并不是最早出现的，举例来说，1791年时的军队和1789年后的国卫队就曾把它作为军旗。拿破仑的意大利军团战旗使用旗角是红蓝双色菱形，中心绘有金fasces lictoriae（前罗马共和国的徽章）的白色旗。垂直的旗子在1812年被军队采用了，以替换早先中央绘有白色十字架的红蓝两色旗。
1815年波旁王朝复辟后，三色旗被革命前使用过的王室的丁香花（fleur-de-lis）白色旗代替。然而1830年革命，路易-菲利普（Louis-Philippe）国王登上王位后，再一次指定三色旗为国旗，一直持续至今。
1848年革命时期的旗子以在三色旗上绘有洛林红十字为特色。它被支持新的法兰西第二共和国政府的激进分子升起。